Межгалактический заключенный Борис Животное сбегает с Лунной тюрьмы не без помощи Лилли. Инопланетный захватчик, в свое время уничтожавший целые миры, решает отправиться в прошлое, чтобы убить своего давнего обидчика — агента Кея. Больше сорока лет назад, в молодости, агент Кей лишил боглодита Бориса руки, и упрятал его за решетку Лунной тюрьмы. Агент Кей очень странным образом пропадает, но агент Джей помнит его живым, в отличие от всех «Людей в чёрном», которые абсолютно уверены, что он мёртв с 1969 года.

Раса боглодитов организовывает глобальное вторжение на планету Земля, так как защитный щит не был установлен в 1969 из-за смерти Кея. Агент Джей находит мошенника Джефри Прайса, который отправил Бориса в прошлое, и вслед за ним отправляется в 1969 год. Молодой агент Кей арестовывает Джея и допрашивает.

Джей рассказывает ему всю правду, но Кей не верит ни единому слову. В последний момент, перед щелчком нейрализатора, Кей верит в историю агента Джея, и они объединяются для очередной попытки предотвратить разрушение мира. В конце фильма путь им перекрывают два Бориса: из 2012 года и 1969. Джей в смертельной схватке одолевает «современного» Бориса. 1969-Борис стреляет в Кея, но под удар подставляется полковник. Кей после сражения с Борисом осознает, что если он его арестует то ситуация повторится, и хладнокровно убивает его. После этого мальчик из машины выходит и начинает искать своего отца – полковника, и Джей видит в нем себя. Кей применяет нейрализатор и говорит мальчику, что его отец был героем. Джей возвращается в настоящее, где встречается с Кеем в их любимом кафе.